在人类细胞中，DNA充满了组蛋白、RNA和染色质相关蛋白，形成粘性凝胶。在任何给定时刻，只有蛋白质组的一个子集可以结合DNA并组织其结构、转录、复制、修复和其他基本分子功能。2025年5月22日，德国弗赖辛慕尼黑工业大学（TUM）生命科学学院Bernhard Kuster团队在Cell（IF 45.5）杂志上发表了题为“The human proteome with direct physical access to DNA”的研究文章，开发了一种“零距离”光交联方法来定量与活细胞中DNA直接接触的蛋白质，这为探索基因组调控开辟了一条直接途径，适用于许多生物体和系统。

理论研究最终结果

1、从光敏培養内部中提炼DNA化学交联球氨基酸

要脱离光交连蛋清质-DNA软型物代替LC-MS讲解，著者研发打了个种性质发生变化纯化细则，可从DNA中去如果不是交连蛋清质，仅在直晒时利用之间基因遗传组碰到生物富集DNA交连蛋清质。用TRIZOL转化成染色法质并清理执行死刑获的非交连蛋清，第二步将其之后分解以来RNase助化解。利用超声检查裁切所得到蛋清质交连DNA的转化成物，在硫氰酸胍中加热性质发生变化，并在二腐蚀硅离心力柱上巨烈干洗以去如果不是交连蛋清质一直到完成任务。利用核酸酶净化处理从DNA中放出光交连蛋清，并来胰蛋清酶助化解代替LC-MS讲解。该的方式起名为蛋清质交连DNA转化成或XDNAX。

图1.蛋白酶质热塑DNA分离出或XDNAX标准流程图模板（图源：Trendel, et al., Cell 2025）

2、可进行打交道DNA的淀粉酶质图谱

将光交连形式app于MCF7神经元膜，感觉了1,805种备选球球蛋清酶，在这其中1,191种都存在于3个或更好次反复中。60%的DNA相互间用组配有核酸相融入的GO注音，在缺乏性核酸相融入注音的球球膳食纤维中，最大程度的供献出自核纤层球球蛋清酶，再者是参与到染色剂质组织开展和神经元膜分列的球球膳食纤维（图2）。

图2 . 可直观学习 DNA 的血清质（改自：Trendel, et al., Cell 2025）

图3归纳总结了DNA互为反应组所隐藏的核高蛋清-DNA游戏界面和其富含的核苷酸交连肽。这还有原因（1）球状DNA紧密紧密联系实际构成域、（2）DNA 紧密紧密联系实际混乱区（IDR）和（3）原因与另一核高蛋清（列举组核蛋清紧密紧密联系实际核蛋清）、RNA（列举剪接成分）或相脱离区室（列举核仁核蛋清）互为反应而诱发的区域将近。

图3 . 可一直排斥 DNA的架构域（改自：Trendel, et al., Cell 2025）

3、按量人体细胞扰动当天与DNA构建的转录分子

雌抗生素感觉α（ESR1）驻留下胞质溶胶中，终究会碰上其配体，捕获易位到神经元核，在在那它与基因组组中的某些空间结合实际以成功激活某些的转录源程序。将血清饥饿的MCF7神经元体现于高极量雌抗生素（10 nM 17β-雌二醇）4分之五钟，与模似进行处理的照表神经元相对比较它的DNA间接之间用组（图4A）。当中，雌抗生素伤害性后DNA间接之间用组中的ESR1增多了30倍（图4B）。总的比喻，在1,814个降钙素原检测的蛋清质-DNA间接之间用中，约有9%彰显出达到2倍的为显著变化无常，并观擦到与ESR1兼备间接之间用的蛋清如POLR2A和SMARCA4等（图4B-C）。

图4 雌缴素整理乳房增生癌神经元 DNA 间接功效组的降钙素原检测很（图源：Trendel, et al., Cell 2025）

个人心得体会

科学理论实验進入着色体组的球核蛋白酶酶质以详细了解它是该如何被获取并付诸实际的，一直都是科研项目人士某个常年的追。着色体组可及性主耍以DNA为中的视场角通过科学理论实验，同时，到现有说不定，着色质抑菌凝胶中的那些球核蛋白酶酶质与DNA 发生的力学共同做用尚不看清楚。使用的零离光交连，可会发现DNA共同做用组中的越来越多数球核蛋白酶酶质，XDNAX新技术将最为球核蛋白酶酶质-DNA共同做用科学理论实验的厉害生产工具。

拜谱个人总结

该研究基于LC-MS/MS蛋白质谱开发的XDNAX技术，实现了活细胞内蛋白质与DNA直接相互作用的精准捕获与定量分析，绘制了高分辨率的人类DNA互作蛋白图谱，为解析基因组调控网络提供了全新工具。拜谱生物作为一家国内领先的多组学服务公司，可提供完善成熟的膳食纤维质组学、遮盖组学、排泄组学、转录组学等多组学产品技术服务体系，整合多组学数据进行深入挖掘分析，全面解析机制机理等，助力高分文章发表。欢迎咨询！

学习专著：

Trendel J, Trendel S, Sha S, Greulich F, Goll S, Wudy SI, Kleigrewe K, Kubicek S, Uhlenhaut NH, Kuster B. The human proteome with direct physical access to DNA. Cell. 2025 May 14:S0092-8674(25)00507-0. doi: 10.1016/j.cell.2025.04.037.