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Microb Cell Fact | 遵义医科大学冯昆团队揭示无柄灵芝培养物产生灵芝酸的机制

发布时间：2024-07-25

三萜类化合物已表明出比较广泛的生物工程吸附性，涵盖抗癌肿和身体毒做用。通常情况下，三萜是完成甲羟戊酸途经转化成的，并从天然常绿植物常绿植物和念珠菌中取出。遵义医科大学冯昆团队在Microb Cell Fact（IF=6.4）上撤稿了一篇“Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile”的探析毕业论文。该探析察觉三萜类类化合物灵芝粉粉酸（GA）是采用透明液体激发的无柄灵芝粉粉菌丝体中二萜15,16-二氢丹参酮I（DHT）的菌物转变生产的。在转录组和蛋清质组学枝术进步骤经历无柄虫草粉菌丝体中DHT生产二种虫草粉酸（GA）的机理，并利用多个学枝术检查到的不同之处性表观遗传和不同之处性蛋清，得出DHT 菌物生成 GA 的行业。拜谱生物提供了转录组测序和TMT定量蛋白质组学技术，为研究二萜生物转化为三萜提供了丰富的组学信息和候选基因。

文章名称：Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile（Microb Cell Fact，IF=6.4，2023.7）

客户单位：遵义医科大学

研究材料：无柄灵芝真菌菌丝体

拜谱提供技术：转录组测序、TMT定量蛋白质组学

研究结果

1.转录酚类化合物析和用途分类整理

完成对无柄灵芝粉真菌感染菌丝体完成转录组测序共取到67230个转录本和14294个单DNA。在许多单DNA中，49两个被签定为不一致性表示DNA（DEGs），这里面的213个表示上浮，279个表示下降（图1A）。GO聚集研究后，DEGs构成怪物具体步骤（BP）、内部成份（CC）和大分子技能（MF）3类。在BP分类中，产生了前三大子分类：抗生素类进行分解新陈分泌具体步骤，乙酸盐新陈分泌具体步骤和甲酸盐新陈分泌具体步骤;而在CC分类中，内部外区、突触软型体、突触结构类型是前三大亚类。针对MF分类，甲酸脱氢酶（NAD）渗透性酶酶、氧化物复原酶渗透性酶酶和酸氨（或酰胺）相连接酶渗透性酶酶是前三大亚分类（图1B）。在DEGs的KEGG信号灯环路研究中，前30条聚集度比较高的信号灯环路含有27条是新陈分泌，这里面的甲烷气体新陈分泌、乙醛酸盐和二羧酸盐新陈分泌、丙酸盐新陈分泌信号灯信号灯环路差异性聚集（图1D）。

图1|转录酚类化合物析和系统总类

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

2. 蛋白质组定量分析和功能分类

在对无柄虫草病菌菌丝体做好血清质组学定性浅析一下，加起来判定了16,457种独家肽、2606种血清质和2588种参考值血清质。在阀值|FC|>1.2和p<0.05的挑选水平下，你在2606种血清质中，94种被评定为不同表达方式出来血清（DEPs），另外52种调涨，42种调低（图2A），图2C体现了不同表达方式出来血清的聚类浅析一下定性浅析一下热图。从GO定性浅析一下看你，BP品目体现，几乎数DEPs参与的醋酸钠盐新陈分解排泄率环节、消炎药转换新陈分解排泄率环节和药品转换新陈分解排泄率环节。CC类DEPs在癌受损神经元外区、过阳极铁的氧化物物酶体和微体中比率极高，阳极氧化物展现酶灵活性氧和甲酸脱氢酶（NAD）灵活性氧在MF类中DEPs的标准极高（图2B）。与转录组效果似的，KEGG径路定性浅析一下体现，不少DEPs在新陈分解排泄率中含有，另外3条最含有的手段是光合怪物学中的碳稳定、碳新陈分解排泄率和MAPK数据源信号径路（图2D）。虽然，在定性浅析一下GO数据源库的CC对DEPs做好亚癌受损神经元确定定性浅析一下和注音（图2E），DEPs包括的分布点在癌受损神经元质（40.66%）、癌受损神经元膜（17.58%）、线粒体（12.09%）和内质网（8.79%），学说上是GAs怪物学聚合的包括的方位。

图2|营养素质组的参考值定量分析和功能表查验

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

3.转录组和蛋白质组数据相关性分析，RT-qPCR验证

为业物还原成和相较比较组侯选人DEGs和DEPs定制了维恩图，有20个文化差异形容遗传遗传DNA（图3A）。对转录组和高淀粉酶质组中E组和C组拥有的DEGs/DEPs采取聚类数据浅析数据浅析，感觉mRNA和高淀粉酶质之前有1几个调整遗传遗传DNA和几个降低遗传遗传DNA，DEGs和翻译资料的DEPs形容技术呈正涉及的，特征提取Pearson的涉及的弹性系数数据浅析，在转录组和高淀粉酶质组之前检测工具到比较较高的涉及的性（R = 0.87）（图3C）。实时荧光定量PCR（RT-qPCR）测量结杲显示信息，E组和C组11个大概DEGs的形容出来级别距离相关性，在其中9个为调整DEGs，3个为调低DEGs（图3D）。DEGs在RT-qPCR中的形容出来的趋势与转录类物质析结杲不对。

图3|淀粉酶质组的参考值深入分析和功能表验正

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

拜谱小结

综上所述，该研究结果为真菌对天然产物的生物转化提供了新的见解，这将有助于开发更有效、更经济的方法，以方便的方式获得稀有的三萜。拜谱生物提供了转录组测序、TMT定量蛋白质组学转录组学技术，拜谱生物可提供完善成熟的转录组学、蛋白组学、代谢组学以及多组学联合产品技术服务体系。此外，拜谱生物推出的中药代谢组整体解决方案，基于更丰富、更专业的中药数据库，更高的数据质量、更优质的服务，可进行中药成分分析、中药入血/组织分析、网络药理学等分析，助力客户探索中药前言研究，欢迎致电咨询！

参考文献：Wang X, Wu H, Wong KH, Wang Y, Chen B, Feng K. Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile. Microb Cell Fact. 2023 Jul 28;22(1):139. doi: 10.1186/s12934-023-02156-5.

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